Спортивные мероприятия начались в 1948 году и продолжаются по сей день в спортивном клубе «Медик», который является структурным подразделением вуза.
Ежегодно организуются 26 спортивных секций под руководством высококвалифицированных тренеров: баскетбол (мужчины), баскетбол (женщины), волейбол (мужчины), волейбол (женщины), лёгкая атлетика, лыжные гонки, плавание, настольный теннис, футбол (мужчины), футбол (женщины), шахматы, спортивный туризм, спортивное ориентирование, гиревой спорт, жим штанги лёжа, борьба, конькобежный спорт, фудокан-карате, чирлидинг. Все секции строятся с учётом пожеланий студентов и сотрудников университета. Записаться в секции могут студенты всех специальностей с первого по шестой курсы.
Занятия в секциях проходят в спортзале главного корпуса, стадионе «Медик», лыжной базе (в студенческом городке), ледовом катке «Локомотив», бассейне «МедУЗа», легкоатлетическом манеже центрального стадиона. Во всех общежитиях оборудованы тренажёрные залы.
Ежегодно спортклуб «Медик» проводит десятки оздоровительных и спортивномассовых мероприятий; в соревнованиях разного масштаба принимают участие более 3500 студентов.
Стимулом для регулярных занятий физической культурой являются внутривузовские спартакиады между учебными группами, курсами, факультетами и структурными подразделениями, которые проводятся с целью пропаганды здорового образа жизни у студентов и сотрудников университета.
В течение учебного года СК «Медик» совместно с кафедрой физической культуры, профсоюзной организацией университета проводят 5 специализированных спартакиад: среди первокурсников; среди специальностей; между общежитиями; среди профессорско-преподавательского состава; среди слушателей малой медицинской академии.
В феврале 2017 и марте 2018 г. на базе КрасГМУ проведены зональные соревнования Фестиваля спорта среди студентов медицинских и фармацевтических вузов России «Спорт - вторая профессия врача».
Ежедневно в холле второго этажа главного административного корпуса проводится производственная гимнастика.
Сотрудники вуза защищают честь университета на соревнованиях различного уровня:
- спартакиаде министерства здравоохранения Красноярского края;
- спартакиаде Советского района;
- турнире по мини-футболу, посвящённого памяти профессора В. Ф. Войно- Ясенецкого.
Студенты становились победителями и призёрами краевых, региональных и всероссийских соревнований. Сборные команды университета регулярно ведут подготовку к основным соревнованиям – Фестивалю спорта среди студентов медицинских и фармацевтических вузов России, краевой Универсиаде среди вузов г. Красноярска.
В 2018 году сборная КрасГМУ стала лауреатом 3 степени Фестиваля спорта среди студентов медицинских и фармацевтических вузов России «Физическая культура и спорт - вторая профессия врача».
С каждым годом число студентов, занимающихся спортом, становится больше, растёт интерес к новым видам спорта, открываются дополнительные секции.