Согласно приказу Министерства здравоохранения Российской Федерации от 25 марта 2020 года №67пк Алексей Владимирович Протопопов утверждён в должности ректора федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего образования «Красноярский государственный медицинский университет имени профессора В.Ф. Войно-Ясенецкого» Министерства здравоохранения Российской Федерации с 1 апреля 2020 года.
Алексей Владимирович ознакомился с приказом Министерства здравоохранения Российской Федерации и подписал трудовой договор на 5 лет.