Родилась в г.Новосибирске. В 1961 году поступила на лечебный факультет Омского медицинского института, где окончила 4 курса. В 1966 году перевелась на лечебный факультет Красноярского медицинского института. С 1 курса была членом кружка СНО кафедры гистологии, сначала Омского, затем Красноярского медицинского института. За время обучения опубликовала 9 работ ( 2 в центральной печати, 7 на студенческих конференциях Омского, Новосибирского, Харьковского и Красноярского институтов).Закончила в 1968 году с отличием.
Председатель Совета СНО с 1967 по 1968 год.
В 1973 г. защитила кандидатскую диссертацию на тему: ”Влияние никеля на содержание микроэлементов у рабочих цеха электролиза никеля”, в 1997 году - докторскую диссертацию на тему: ”Хронические неспецифические заболевания легких и антропогенное загрязнение окружающей среды в Таймырском автономном округе”, в 2000 г. получила звание профессора кафедры поликлинической терапии Красноярской государственной медицинской академии. Специалист в области внутренних болезней, пульмонологии, молекулярной биологии, экологии. Имеет высшие квалификационные категории врача-терапевта, врача-пульмонолога.
Под ее руководством защищенo 3 и выполняются 2 кандидатские диссертации. Автор 260 печатных работ, в том числе 2 монографий, 10 учебных пособий, имеет 1 изобретение. Член диссертационного совета Д 208.037.01 при КрасГМУ, член проблемной комиссии по внутренним болезням и педиатрии в КрасГМУ. Член терапевтического общества г. Красноярска, член Европейского респираторного общества, эксперт Красноярского краевого фонда поддержки научной и научно-технической деятельности, Действительный член международной академии экологии и безопасности жизнедеятельности. Эксперт Республиканского научно-консультативного центра экспертизы, включена в реестр экспертов научно-технической сферы Российской Федерации.
Основным научным направлением исследований профессора А.Ф. Колпаковой является изучение патогенеза, клиники, лечения хронических заболеваний органов дыхания, экологически обусловленных заболеваний внутренних органов.
Неоднократно выступала с докладами на российских и международных конгрессах, в том числе ежегодных конгрессах Европейского респираторного общества и Всемирном конгрессе пульмонологов. Награждена знаком «Отличник здравоохранения».