История одного из крупнейших подразделений университета началась в годы Великой Отечественной войны, когда в Красноярск прибыли эвакуированные из осажденного Ленинграда медицинские вузы и Воронежский стоматологический институт. Осенью 1942 года преподаватели, научные работники и студенты прибыли в Красноярск, привезя с собой книги из своих библиотек. Именно эти издания, так необходимые для подготовки врачей, стали основой библиотечного фонда, разместившегося в доме № 125 по улице Урицкого. Вскоре фонд начинает пополняться изданиями из личных библиотек красноярских медиков, а краевой архив передаёт в библиотеку труды Общества врачей Енисейской губернии. Ценность этого дара велика и сегодня: среди переданных книг научные труды Владимира Михайловича Крутовского – основоположника медицинского образования в Сибири, организатора врачебной помощи населению Енисейской губернии; исследования Ивана Тимофеевича Савенкова «Материалы для медико-топографического описания озера Шира», коллективный труд «Материалы к вопросу об устройстве лечебного курорта при озере Шира в Минусинском уезде Енисейской губернии» и многие другие.