Родился 28 мая 1958 года в Алтайском крае. В 1981 году окончил лечебно-профилактический факультет Омского государственного медицинского института и был распределен в целевую аспирантуру по нормальной физиологии в Красноярский государственный медицинский институт. В 1986 году защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата медицинских наук по проблеме взаимосвязей эмоционального состояния беременных и развития их потомства. С этого года стал работать старшим преподавателем, доцентом кафедры психологии Красноярского государственного педагогического института. С 1991 года исполнял обязанности декана факультета педагогики и психологии детства названного института, а с 1997 г. – заведующий кафедрой психологии детства Красноярского государственного педагогического университета.
В 1997 году, с момента открытия кафедры мед медицинской психологии и психотерапии с курсом педагогики Красноярской медицинской академии, стал ею заведовать. В 1998 году защитил диссертацию на соискание ученой степени доктора медицинских наук по специальности «медицинская психология»: «Особенности личности ребенка при нарушении здоровья», а в 1999 году ему было присвоено ученое звание профессора.
Специалист по проблемам медицинской психологии, реабилитации в наркологии, общей и возрастной психологии. Им установлены научные связи с кафедрой нейро- и патопсихологии Московского государственного университета, федеральным научно-методическим центром по психотерапии и медицинской психологии при Санкт-Петербургском психоневрологическом институте им. В.М.Бехтерева. В 2000 году под руководством профессора В.А.Ковалевского стала работать аспирантура по специальности «медицинская психология», в настоящее время под его руководством защищено восемь диссертаций на соискание ученой степени кандидата психологических наук и одна — на соискание ученой степени доктора медицинских наук.
Валерий Анатольевич является членом Президиума Всероссийской ассоциации психотерапевтов и медицинских психологов, членом координационного совета при администрации Красноярского края по проблемам наркомании, членом экспертного совета управления здравоохранения администрации Красноярского края по психиатрии, психотерапии и медицинской психологии, председателем общественного совета по защите прав ребенка при администрации Красноярского края, членом комиссии по делам несовершеннолетних и защите их прав при Правительстве Красноярского края, членом Общественного совета при Красноярском филиале Госнаркоконтроля РФ.